Как я и предупреждал, Canonical отказываются от Unity 2D. В Ubuntu 12.10 был загружен пустой пакет с Unity 2D, так что при обновлении данная оболочка просто удалится (стандартная Unity, естественно, останется).
Ubuntu планирует отказаться от Unity 2D
Разработчики Ubuntu рассматривают возможность закрытия проекта Unity 2D, в рамках которого развивается вариант оболочки Unity, базирующийся на библиотеке Qt и способный работать на оборудовании с видеоподсистемой без поддержки OpenGL.